После получения сертификата Let′s Encrypt для нового сайта, обозреватель Chrome сообщает о том, что соединение не защищено. Хотя другие сайты, расположенные в этой виртуальной машине, открываются нормально. Так же, проблемный сайт нормально открывается в другом браузере.
Вероятно проблема в том, что сайт содержит смешанное содержимое, которое передаётся как по HTTPS, так и по HTTP. В этом случае необходимо проверить, включена ли принудительная переадресация на HTTPS в настройках вэб-сервера.
В BitrixEnv это можно сделать через меню: 6. Configure pool sites → 5.Change a site’s https settings
В сводной таблице, для сайта должно отображаться значение S — Only HTTPS access to the server