PHP-FPM поддерживает опцию журналирования медленных участков кода. Для её включения, необходимо в конфигурационный файл воркера добавить строки:

slowlog = /var/log/php-fpm/www-slow.log
request_slowlog_timeout = 5s

где slowlog — принимает путь, до файла для ведения журнала;
request_slowlog_timeout — задаёт максимальное время исполнения команды интерпретатора, при превышении которого она будет добавлена в журнал.