Для выполнения PHP файла по крону с GET запросом, можно воспользоваться программой GET. Запись в crontab имеет примерно такой вид:
0 0 * * * www-data /usr/bin/GET ‘http://mysite.ru/cron.php?module[]=exchange’
При отсутствии в системе программы /usr/bin/GET, следует установить пакет libwww-perl.